根據乾隆三年「台灣志略」記載，水仙宮是薛奎在康熙三十五年所建。照方志記載薛奎是遼東人，康熙三十四年任澎湖水師右營遊擊，當時大陸、澎湖、台灣之間的交通活絡，來台人員祈求及祭祀主要對象是媽祖，不過若是渡台途中遭遇風浪危險，除了媽祖外，他們亦向水仙王禱告，祈求水仙王幫助化險為夷，由於地處海邊，水仙宮受海風吹襲鹽水腐蝕頗有傾頹，乾隆四十五年澎湖水師將領招成萬見此狀，遂即捐錢重修，光緒元年水仙宮再次重修，一般認為當時的水仙宮，已被充為「臺廈郊會所」，以為行商棲止之處。
古時台灣與大陸之間經營買賣者，為確保行間商業信用，結合同業組織商業團體即稱為「郊」，台灣淪陷日本後，於光緒二十六年改稱為「實業會館」，台廈郊所組成的郊戶，不僅包括本地商人，還包括與台廈兩地人合資者，販賣商品皆非本地所能生產物，另台廈郊也擔任社會仲裁者的角色，並設有失水難民棲身之所，平時亦捐修墓塚，舉辦團練等，對地方的公益事業亦多方襄贊。
其次台廈郊亦控制馬公的物價，影響民生頗鉅，為當時不可或缺的會社，台廈郊的商業至抗戰前夕才日漸式微。現今，殿內仍掛有「台廈郊實業會館」等匾額。
- 台廈郊會館澎湖水仙宮外觀。（黃瓊蕙攝）
- 宮內主祀「水仙尊王」。（黃瓊蕙攝）
